1、出資人不同

有限責任公司自然人獨資只能由自然人出資設立，而一人有限公司可以由自然人出資設立或者法人出資設立。

2、資格不同

有限責任公司自然人獨資企業屬于非法人組織的企業，不具有法人資格，而一人公司作為公司的一種，在公司成立的時候就可以取得法人資格。

3、責任不同

自然人獨資企業對企業的債務要承擔無限責任，而一人有限公司的投資人僅以出資額對公司負責，即負有限責任。

法人資格的最大意義在于它將法人財產和個人財產嚴格區分開來了，像個人獨資企業投資人的個人財產與企業財產緊密聯系在一起，同時需要對企業債務承擔無限責任，所以它不具備法人資格。假如一個個人獨資企業因為經營不善而倒閉了，并且企業所有財產都不足以支付債務時，投資人需要用個人財產來償還債務。

4、稅務不同

個人獨資企業投資者的生產經營所得是按照個體工商戶的生產經營繳納個人所得稅；而一人有限責任公司除了需要繳納企業所得稅之外，還需要繳納個人所得稅，但不會重復征稅。

此外，自然人只能投資一家獨資企業，而法人沒有這項限制。